A cause de sa situation géographique, la région Rhône-Alpes joue un rôle très important dans les flux migratoires de la faune à travers l'arc alpin. Cela concerne non seulement la France mais également l'Italie, l'Allemagne, l'Autriche, la Suisse, la Slovénie...

En effet les massifs montagneux boisés et la vallée du Rhône constituent des axes de propagation d'importance majeure pour la faune européenne : la colonisation naturelle du lynx venant de Suisse, du loup venant d'Italie, les déplacements des bouquetins, loutres, grands rapaces (aigle royal, gypaète barbu...) témoignent du phénomène. D'autres exemples sont moins spectaculaires (insectes, plantes, chauves-souris...) mais n'en sont pas moins importants pour l'équilibre naturel.

Ainsi si la région Rhône-Alpes garantit la libre circulation de la faune sur son territoire, elle assure également la survie de la faune et de la flore alpines en permettant les échanges vers le sud et l'est de l'Europe. La coopération interdépartementale est donc indispensable pour rétablir les liaisons entre les massifs préalpins et pour la traversée de la vallée du Rhône en aval de Lyon. Le travail d'établissement de la cartographie des corridors biologiques à l'échelle régionale  concourt à cette coopération tout comme la participation du Conseil général aux réunions préparatoires au contrat de corridors biologiques de Métropole Savoie (Contact : Conservatoire du Patrimoine Naturel de Savoie - André Miquet).